Java的源文件是指以.java为后缀的文件，其中包含了Java程序的源代码。当我们需要构建一个Java应用程序时，需要将这些源文件编译成以.class为后缀的字节码文件，Java虚拟机能够识别这些字节码文件并运行它们。

在Java中，源文件的组织方式是通过包来实现的。包是一种用于组织类的机制，它可以将相关的类放在一起，方便管理和使用。每个Java源文件都必须包含一个package语句，指定该源文件所属的包名。例如，一个名为Student的类，如果要放在名为com.example的包中，则它的源文件开头应该写上：

package com.example;
public class Student {
// ...
}

这个例子中，Student类的完整类名就是com.example.Student。它定义在名为com.example的包中，这个包有可能是嵌套在其他包中的，例如com.example.school。

当我们编写Java程序时，通常要使用若干个不同的包，这些包的源文件可能来自不同的目录或者jar文件。在编译和执行Java程序时，需要确保这些源文件都能被正确地找到。Java编译器和虚拟机通过一个叫做“classpath”（类路径）的机制来查找包中的类。类路径是一组用于搜索类文件的根目录，多个目录之间用冒号或分号隔开（冒号是在Unix和Linux平台上使用的分隔符，分号是在Windows平台上使用的分隔符）。例如，下面的命令可以编译一个Java源文件，并将编译得到的字节码文件放在一个名为target的目录中：

javac -d target com/example/Student.java

在上面的命令中，-d选项指定了编译器输出的字节码文件的目录。编译器会自动创建这个目录，如果需要嵌套的子目录也会创建它们。例如，如果命令行中指定了两个源文件 com/example/Student.java 和 com/example/school/Teacher.java，则编译器会在target目录下分别创建com/example和com/example/school两个目录，并把编译结果放在这两个目录中。