在Linux环境下，文件和目录的权限对系统安全至关重要。PHP作为一种广泛使用的编程语言，在Linux服务器中经常用于动态生成网页，处理表单数据等。因此，如何为PHP设置正确的权限是非常重要的。

首先，让我们看一下Linux中的权限组成。每个文件和目录都有三组权限：用户、用户组和其他用户。每组权限都可以分为读、写和执行三种权限。例如，可以根据需要将一个目录设置为Drwxr-xr-x，这样，该目录的拥有者具有读、写、执行权限，而该用户组和其他用户仅具有读和执行权限。

drwxr-xr-x 2 username usergroup 4096 May 19 01:24 public_html
-rw-r--r-- 1 username usergroup  119 May 19 01:24 index.php

上面的命令输出显示，目录public_html是用户username和用户组usergroup所有的，具有读，写和执行权限。另一个文件index.php是只属于用户username的，具有读和写的权限。用户组usergroup和其他用户只能读取该文件。

为了保护PHP文件，我们应该将它们放在一个独立的目录中，并限制其他用户的权限。

drwx--x--x 2 username usergroup 4096 May 19 01:24 /home/username/www/
-rw------- 1 username usergroup  119 May 19 01:24 /home/username/www/index.php

此时，目录www的权限是Drwx--x--x，仅允许用户username执行该目录中的文件。文件index.php是只属于用户username的，并限制了其他用户的访问权限。

此外，为了更好地保护文件，PHP脚本应该仅通过网页服务器执行而不是直接执行。可以将PHP脚本的权限设置为0755。使用以下命令将其设置为Apache服务器可执行：

chmod 755 /home/username/www/index.php

这将为用户、用户组和其他用户分别设置读、写、执行、读和执行和读和执行权限。这确保了“其他用户”无权修改PHP脚本。

在Linux中，PHP可以与MySQL一起使用。如果PHP脚本需要访问MySql数据库，则必须设置权限。将MySQL连接文件设置为0700，禁止访问者（即”其他用户”）访问连接文件。

-rwx------ 1 username usergroup 119 May 19 01:24 /home/username/www/connect.php

在Linux中正确设置文件和目录权限至关重要。使用上述方法，我们可以保护PHP脚本和MySql连接文件，并限制其他用户的访问权限。这有助于确保网站的安全性，减少黑客攻击的风险。