MD5是一种常用的加密算法，在PHP中也有相应的函数可以使用。下面就让我们来一起探讨一下MD5在PHP中的应用。

首先，假设我们有一个用户表，里面有用户名和密码字段。为了保护用户密码，我们在数据库中存储的是经过MD5加密的密码。下面是一段示例代码：

$username = 'user';
$password = '123456';
$encrypted_password = md5($password);
//将加密后的密码存入数据库
$sql = "INSERT INTO user_table (username, password) VALUES ('$username', '$encrypted_password')";

在上面的代码中，我们首先将用户输入的密码使用md5函数加密，然后将加密后的密码存入数据库中。当用户登录时，我们也需要将输入的密码进行加密，与数据库中保存的加密后的密码进行比对。下面是登录页面的示例代码：

$username = 'user';
$password = '123456';
$encrypted_password = md5($password);
//查询数据库中是否有该用户
$sql = "SELECT * FROM user_table WHERE username = '$username' AND password = '$encrypted_password'";
$result = $db->query($sql);
if ($result->num_rows == 1) {
//登录成功
}
else {
//用户名或密码错误
}

在上面的代码中，我们将用户输入的密码使用md5函数加密，然后查询数据库中是否存在该用户，并且加密后的密码与数据库中保存的密码进行比对。如果比对成功，则说明用户输入的密码正确，登录成功；否则，返回错误信息。

除了加密密码之外，MD5算法在PHP中还可以使用来生成随机的安全令牌，用于创建Session、激活账号等。下面是示例代码：

//生成16位随机字符串作为安全令牌
$token = substr(md5(uniqid()), 8, 16);
//将安全令牌存入Session
$_SESSION['token'] = $token;
//在发送邮件时使用安全令牌作为激活链接
$mail_message = "请点击以下链接激活账号：http://example.com/activate.php?token=$token";

在上面的代码中，我们使用uniqid函数生成一个唯一的字符串，并使用md5函数加密，然后从第8个字符开始截取16个字符，作为安全令牌。将安全令牌存入Session，并且在发送邮件时使用安全令牌作为激活链接。

以上就是MD5在PHP中的应用，虽然MD5算法已经不再被认为是安全的，但在某些应用场景中仍然可以使用。同时，为了提高安全性，建议将加密后的密文和盐值进行混淆、加密或添加随机串等操作。