出现这个问题的原因在于 MySQL 每次查询只能使用一个索引， 而你的 SQL 语句 WHERE 条件和 ORDER BY 的条件不一样， 索引没建好的话， 那么 ORDER BY 就使用不到索引， 出现了 Using filesort 问题。
解决这个问题就是建立一个包含 WHERE 和 ORDER BY 条件的混合索引。

比如原来 SQL 语句是：

SELECT * FROM user u where u.id=100 order by u.update_time

而索引是 idx_user_id(id)

现在重新建立索引为 idx_user_id_update_time(id,update_time)
再使用 explain 命令查看， 如果 key 使用的是上述新建的 idx_user_id_update_time 索引， 则可以看到 Using file sort 问题消失了， 如果 key 不是使用新建 idx_user_id_update_time 索引， 可以使用 force index() 方法强制使用这个索引， 此时 using filesort 问题就解决了。
force index()使用方式:

SELECT * FROM user u force index(idx_user_id_update_time) where u.id=100 order by u.update_time